数百年前，欲望催生了几乎灭绝人类的玛娜生态。人类瞬间沦为猎物，文明毁灭殆尽，末日中猜忌和恐惧拉开了人与人之间的距离。灾难当前，人们逐渐意识到：情感——这个被灯塔视为禁忌的存在，如今成为突破一切障碍、构建命运共同体的最强纽带。已被逼至绝境的幸存者们能否重夺未来?
在地势险峻的山谷腹地，勇猛果敢的神奇宝贝凯尔迪奥（中川翔子 配音）追随传说中的圣剑士克巴路欧（山寺宏一 配音）、泰利奇欧（安元洋贵 配音）、比利基恩（本田贵子 配音）修行，朝着圣剑士的目标持续努力。自不量力的凯尔迪奥不听三位老师的忠告，贸然向龙系最强的神奇宝贝酋雷姆（高桥克实 饰）发起挑战。及至交手时才发现自己远远不是酋雷姆的对手。关键时刻，三位圣剑士出现，为拯救弟子而甘愿牺牲自己。伤痕累累的凯尔迪奥落荒而逃，恰巧遇见正在修业旅行中的小智（松本梨香 配音）、天桐（宫野真守 配音）和艾莉丝（悠木碧 配音）一行，而愤怒的酋雷姆也尾随而至。新的战斗意外拉开序幕…… 本片为小学馆创立90周年的纪念之作。
寿宴过后，李饼接受了女皇安排的秘密任务，藏身胡肆，随后带着陈拾暗中查探丘神纪曾经在博州所作所为，主仆二人踏上了前往博州的征途。曾经的挚友为何会变成这样，是李饼一直想要解开的迷。李饼将博州的惨状上报女皇，本以为真相大白不料峰回路转，李饼该何去何从？
阿斯特拉金斯银河一直以来分为两大星系——Girugames星系和Rose Land星系。这两大星系之间，已经经历了一百多年未间断的战争……
